Eugène Michelangeli wurde in Frankreich geboren. Er begann sein Cembalostudium bereits als Kind in der Musikschule von Dieppe, wo er 1995 die Médaille d’or erhielt. Danach setzte er sein Studium am Conservatoire National de Région de Boulogne-Billancourt fort und erlangte 1998 den ersten Preis für Cembalo und Generalbass. 2002 schloss Eugène Michelangeli sein Studium bei Gordon Murray an der Universität für Musik und Darstellende Kunst Wien mit dem Magister Artium ab.
Neben seiner Tätigkeit als Leiter des neugegründeten Instituts für Alte Musik der Universität für Musik und Darstellende Kunst Wien führt Eugène Michelangeli ein national wie international intensives Konzertleben.
Er trat u. a. als Kammermusiker bei den Salzburger Festspielen, den Wiener Festwochen, der Styriarte in Graz, dem Italia Mia Festival in Wien sowie auch als Solist bei den Thüringen Bachwochen auf. Als Mitglied des European Union Baroque Orchestra für das Jahr 2000 und 2003 spielte er als Solist und Continuo-Spieler unter der Leitung von Paul Goodwin, Roy Goodman und Lars Ulrik Mortensen u.a. in Amsterdam (Concertgebouw), Stuttgart (Liederhalle), London, Brussel, Hannover und Riga. Er ist Gast bei verschiedenen Opernproduktionen (u. a. Festival d’Ambronay, Oper Bonn, Wiener Festwochen, Haydn Festspiele Eisenstadt, Theater an der Wien, Teatro Real Madrid).